Le Programme est géré au niveau régional, par les partenaires de la coopération transfrontalière dans l'espace du Rhin supérieur, réunis dans deux instances :

 
 
 

Comité de Suivi

 
 
Le Comité de Suivi est l'instance de décision ; il est chargé, d'une part, de suivre la mise en oeuvre du Programme, et d'autre part, de décider de l'adoption des projets.
 
 

Groupe de Travail

 
 
Le Groupe de Travail prépare les délibérations du Comité de Suivi :
  • il instruit les demandes de subvention communautaire avant transmission au Comité pour décision
  • il examine des décisions relatives à la gestion générale du programme (plan de communication, rapport annuel d'activités, etc.)